La chiesa si trova dietro quella dei Santi Pietro e Paolo, in quella che era l’area della villa romana dei Nonii Arii e viene detta “del Benaco” in quanto sorge quasi in riva al lago.

Santuario Madonna del Benaco: G.P. Brogiolo scrive della cornologia degli edifici e loro presupposta funzione: “Nella visita pastorale del vescovo Bollani e poi in quella apostolica di Federico Borromeo del 1580 si prescrive la demolizione di un apparato che si può ritenere corrispondesse ad un ciborio altomedievale. Marin Sanudo descrive l’altar grando in mexo la chiesa con quattro collone et di sopra uno capitello con ydolo, zoè Jove Amone in forma di ariete con un buso nela cuba, andava il fume de li sacrificij suso. Le colonne sono quelle in tonalite, innalzate nel sagrato antistante la chiesa. Al di sotto si trovava un altare con la statua della Madonna. La presenza di un ciborio e l’intitolazione a Santa Maria potrebbero far ipotizzare che fosse l’originaria chiesa con cura d’anime e che San Pietro e Paolo da cappella funeraria presso la pieve sia poi diventata (prima del 1197) la chiesa titolare. Il cambio potrebbe essere stato determinato dalla difficoltà di ampliare la chiesa, costruita sul declivio in riva al lago, mentre era assai più semplice ricostruire San Pietro”.
Andrea De Rossi scrive a riguardo degli interventi sul Santuario Madonna del Benaco fatti fare da Carlo Borromeo: “Così com’è avvenuto nella Basilica romanica di S. Andrea a Maderno, luogo nel quale San Carlo Borromeo nella sua visita pastorale alla Riviera del Garda nel XVI secolo fece chiudere la cripta sotterranea (ripristinata solo nel 1960) dove un tempo i pagani si rivolgevano ad Apollo nonché fece togliere le reliquie di S.Ercolano dall’urna che, anticamente, aveva contenuto le spoglie della pagana Cesia Festa, anche per la chiesa di S. Maria di Benaco di Toscolano avvenne un fatto simile.
Infatti S.Carlo Borromeo intervenne anche a Toscolano affinché fosse tolto l’antico altare, posto al centro della chiesetta di S.Maria di Benaco che era dedicato a Giove Ammone. Come affermano gli storici Marin Sanuto del 1483 e Ottavio Rossi del 1693 questo altare era attorniato da quattro colonne di serpentino, al centro era stata posta la statua della Madonna mentre sulla copertura dello stesso si trovava ancora l’idolo di Giove Ammone in simbolo d’Ariete o montone (maschio della pecora) posto anticamente dai pagani. Gli stessi, dal basso, bruciavano i sacrifici ed il fumo, attraverso un foro esistente, investiva l’Ariete. Secondo Marin Sanuto, sopra il predetto altare vi era anche una pietra che, secondo la voce popolare, sudava tre volte all’anno: a Natale, il Venerdì Santo e la Nostra Donna in febbraio. L’altare fu quindi demolito e l’Ariete fatto a pezzi per dimenticare la memoria dell’idolatria, mentre le colonne si sono salvate e furono, successivamente, poste a cura del Cappuccino Don Cristoforo (XVII sec.) previa l’inserimento di una croce di ferro al posto delle figure pagane, sulla scalinata di fronte alla chiesetta, dove si trovano tuttora. Quest’altare dei sacrifici rimase intatto fino al 1580 nonostante che l’Imperatore Onorio nel 415 avesse ordinato l’abbattimento di tutti gli idoli pagani”.